税务稽查中发现的重大税务问题主要包括以下几个方面：

1. 发票问题

在金税四期大数据功能和电子发票的加持下，企业的销项和进项等数据税务局那边都很清楚，如果三流不一致、库存账实不一、虚开发票等问题出现，一定会受到税务稽查。

2. 税负率问题

凭借金税四期的数据库和信息化技术手段，可以更直观和准确地分析称各行各业的税负率，如果企业和行业平均税负率差别过大，很容易受到税务的重点关注。

3. 针对企业社保增减员等相关服务问题

部分地区已经实现了税务对针对企业社保增减员等相关服务的全责征收，以前税务代征针对企业社保增减员等相关服务时代，针对企业社保增减员等相关服务缴纳数额是由针对企业社保增减员等相关服务经办单位负责，征收是税务负责，而现在缴纳数额的核定和征收都由税务负责，税务也将更积极地追讨少缴和漏缴针对企业社保增减员等相关服务的企业。

4. 收入、利润问题

金税四期对大数据的运用，企业的成本、利润在税务面前都是透明的，企业想增加成本票、隐匿收入等行为都受到税务稽查。

5. 涉税税筹问题

对于一些不合法的税务筹划方法，例如虚开发票、利用政策法律漏洞等行为都会税务机关发现。

6. 偷税漏税问题

税务稽查中发现的重大税务问题之一是偷税漏税。例如，山东省税务局稽查局依法查处了一起成品油生产企业偷税案件，该公司通过将消费税应税产品变名为非应税产品销售、进行虚假申报等违法手段，少缴消费税等税费1.54亿元。

以上问题都是税务稽查中常见的重大税务问题，企业应当高度重视，并采取相应的措施进行整改，以避免受到税务机关的处罚。